열혈 기자 에이프릴은 최근 악행을 떨치고 있는 '풋 클랜'이라는 조직에 대해 알아내기 위해 애를 쓰고 있다.

그러던 중.. 풋 클랜의 악행을 저지하는 무리들을 목격하게 된 에이프릴은 그들에 존재에 대한 이야기를 하지만 아무도 믿어주지 않는다.

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한편, 풋 클랜은 자신들의 일을 방해하는 자들을 처리하기 위해 일반 시민들의 목숨을 담보로 의문의 존재들을 불러내고,

지하에서 이를 목격한 베일의 무리들은 자신들이 벌인 일을 마무리 하기 위해 지하철을 이용해 풋 클랜을 재빠르게 해치우고 모습을 감춘다.

그때 인질 사이에 있던 에이프릴은 의문의 존재들의 뒤를 따라갔다가 닌자터틀의 존재를 알게 된다.

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이들이 서로를 부르는 이름을 듣고, 기억 한 켠에서 어디선가 떠오를 듯한 무언가에 집안을 뒤지다가 자신이 어릴 때의 모습이 담긴

테이프에서 이들의 이름을 발견한다. 돌아가신 아버지의 실험실의 실험대상이었던 네마리의 거북이들이 이들이라는 것을 알게 된 것!!

레오나르도, 도나텔로, 라파엘, 미켈란젤로. 넷은 스승이자 아버지 스플린터에게 지상에 올라갔던 것을 들키지 않으려고 하지만.. 들켜 혼이 난다.

그리고.. 에이프릴에게 모습을 들켰다는 것을 듣자마자 스플린터는 우려했던 일이 터졌다며 그녀를 당장 데려오라고 명령한다.

거북이 네마리의 존재에 대한 이야기를 했다가 회사에서 잘려버린 에이프릴은 유일하게 자신의 말을 믿어줄 이를 찾아가게 된다.

바로 아버지와 함께 일을 했던 연구원이자 거대 기업을 운영하고 있는 에릭 삭스. 그에게 얘기하자마자 그는 단번에 그녀의 말을 믿어준다.

그 거북이들 피 속에 들어있는 돌연변이원은 앞으로 미래에 꼭 필요한 것이라며 그녀에게 이들을 다시 만나면 연락해달라고 말한며 명함을 건넨다.

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집에 돌아와 있는 그녀의 컴퓨터를 해킹한 닌자터틀은 그녀에게 만남을 요청하고, 이들을 만나러 나갔다가 에이프릴은 스플린터를 만나게 된다.

그래고.. 스플린터에게서 들은 사실은 놀라웠다. 풋 클랜의 리더 슈레더가 삭스를 키우다시피 했고, 삭스는 그를 위해서라면 뭐든지 할 거란 것,

그리고 그녀의 아버지가 삭스의 악한 계획을 알아내고 일부러 연구실에 불을 질렀고, 그 속에서 에이프릴이 이들을 구해주었다는 거였다.

이후, 돌연변이원은 이들을 변화시켰고, 스플린터는 거북이들의 아버지가 되기로 한 것. 여느 10대처럼 자라는 터틀들을 교육시킬만한

무술책을 우연히 발견한 스플린터는 자신이 먼저 익힌 후, 이들에게 전수했고, 터틀들은 무술에 푹 빠져서 익혔다는 얘기였다.

삭스와 슈레더를 조심해야한다는 얘기를 하자마자 경고음이 울리는 지하실. 알고보니 에이프릴이 받은 명함에 위치추적기가 달려 있었던 것!

슈레더는 삭스가 새로 만들어준 갑옷을 입고 닌자터틀을 잡으러 출동한다.

그리고.. 라파엘을 제외한 3마리를 사로잡는데 성공한다. 이들에게서 피를 뽑아기 시작한 삭스. 알고보니.. 슈레더는 뉴욕 전체에 독을 뿌려 사람들이

죽어나가기 시작할때, 돌연변이원을 통해 해독제를 만든 삭스가 나타나 구세주처럼 사람들을 모두 구해내려는게 이들의 목표였다.

이를 통해 슈레더는 뉴욕을 지배하고, 삭스는 돈방석에 앉으려고 했던 것. 하지만.. 닌자터틀이 가만히 있을리가..!! 잡히지 않은 라파엘이 형제들을 구하기 위해 나섰다.

에이프릴은 라파엘을 도와 닌자터틀을 구하고, 닌자터틀들이 슈레더를 제지하는 사이 에이프릴은 삭스를 제지하기로 한다.

그러다 삭스가 아버지를 살해했다는 것을 알게 된다. 가까스로 해독제를 손에 넣는데 성공한 에이프릴. 그리고 독소방출을 막아낸 닌자터틀.

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그렇게 뉴욕은 이들의 활약으로 무사할 수 있었다. 누구도 알 수 없는 사실이긴 하지만.