5년이라는 시간동안 우주를 떠다니며 미션들을 수행하게 된 엔터프라이즈 호. 벌써 966일째 항해 중이다.​

긴 시간 동안 꽤 지친 커크와 대원들은 행선연방의 최첨단 기지인 요크타운에 재충전의 시간을 갖기로 한다.

​

​

​휴식도 잠시, 정체불명의 인물로부터 자신의 크루를 구출해달라는 구조요청이 들어오고 엔터프라이즈 호가 출동하게 된다.

​

​

​그런데.. 그것은 함정이었다.

​

​

정체를 알 수 없는 외계인들로부터 공격을 받게 된 것.

​

​

정체불명의 외계인 수장 크롤이 찾는 것은 고대의 유물이었다.

대체 그의 목적은 무엇일까?​

적들의 사정없는 공격을 견디지 못한 엔터프라이즈 호.​

​커크는 엔터프라이즈 호에서 자신의 대원들을 모두 탈출시킨다.

하지만.. 외계인들은 탈출하는 대원들을 대부분 납치해간다.​

​

​몇몇은 무사히 외계인들의 행성에 불시착 했고, 커크도 그중 한명이었다.

​

​

근처에 떨어진 ​체코프와 구조요청을 했던 여자와 합류한 커크는 대원들에게 연락을 취할 방법을 찾는다.

​

​

분명 함대에 가면 방법이 있을거라 예상했지만, 이미 납치된 대원들과 연락할 방법은 없었다.

대신 커크는 여자 외계인이 적과 한편이라는 것을 알았고, 그녀를 떼어낸다.

그 과정에서 완벽하게 파괴되어 버린 엔터프라이즈 호.

​

한편, 납치된 대원들은 모두 한곳에 갇힌다.

그중 몇몇은 크롤의 생명유지방법에 의해 희생되고,

술루와 우후라는 이들의 목적을 알아내기 위해 애를 쓴다.

​

스팍과 본즈 역시 불시착 했지만, 그 과정에서 스팍은 큰 부상을 입고 만다.

본즈는 스팍의 부상을 최대한 치료해보려 했고, 일시적으로 출혈을 막는다.

이후 두 사람은 외계인들의 눈을 피해 다른 대원들과 합류하기 위해 계속 이동을 한다.​

​

무사히 납치되지 않고 불시착한 스코티. 위기의 순간, 제이라의 등장으로 위기를 넘긴다.

​

​

그는 제이라에게서 제안을 하나 받는다. 그녀를 도와 무언가를 고쳐주는 대신, 그녀는 그의 동료들을 찾아주기로.

​

다른 방법이 없었던 스코티는 그녀를 따라나섰고, 그녀가 집으로 부르는 곳에 도착한다.

그리고.. 집의 정체(?)에 놀라고 만다.

​

100년도 전에 사라졌던, 전쟁 영웅이 함장으로 있던 USS 프랭클린이었던 것!!!
 

​

힘을 합쳐 우주선을 수리하고 있던 중, 제이라는 이상신호를 발견하고 달려나간다.

그리고 그곳엔.. ​커크와 체코프가 있었다. 네 사람은 우주선의 장치를 손봐

공간이동으로 위기에 처해있던 본즈와 스팍을 우주선 내로 이동시킨다.

대원들의 위치를 파악한 이들은 제이라의 도움을 얻어 대원들을 구조하러 나선다.​

​

​

​

​커크가 교란작전을 펼치는 사이 스팍과 본즈, 제이라는 대원들을 구출하기로 한다.

​

​

체코프와 스코티는 우주선에 남아 공간이동 장치를 손봤고, 한번에 20명씩 이동이 가능하도록 해두었다.

그리고 신호를 받는 즉시 대원들을 이동시키기 위한 준비를 해놓는다. 작전은 성공했고, 살아있는 대원들은 모두 구출되었다.

​

우주선 내에 남아있던 항해일지와 영상을 통해 적의 수장 크롤의 정체를 알아내는데..

놀랍게도 그는 발타자르 에디슨. 사라진 전쟁 영웅이자 USS 프랭클린​의 함장.

그는 조난을 당한 자신들을 구하러 오지 않은 스타플릿에 대한 원망과 분노를 가지고 있었고,

전쟁이 인류를 진보시킨다는 생각으로 행성연합과 전쟁을 벌이려고 하고 있었다.

조난당한 이 행성의 원주민들에게서 생명을 연장시키는 장치를 발견한 에디슨은

그렇게 긴 세월 생명을 유지시키며 준비를 해왔던 것이다.

​

​

크롤이 엔터프라이즈 호 내에 있던 고대 유물을 탐냈던 이유는

그것이 생물학 무기로 어마어마한 살상력을 가지고 있었기 때문.​​

​

크롤이 요크타운을 파괴하고 그곳의 생명들을 모두 죽이려 한다는 것을 알게된 커크와 대원들은

USS​ 프랭클린으로 그의 뒤를 쫓는다. 오래된 함선이라 아슬아슬 했지만, 무사히 비행에 성공!!!!

요크타운이 함락 당하기 직전, 커크와 대원들의 재빠른 대처로 수많은 공격을 막아낸다.

​

하지만 3대의 비행선은 막아내지 못했고, 그 3대 중 한대에 크롤이 탑승하고 있음을 알게된다.

커크는 재빨리 크롤의 뒤를 쫓았고, 간신히 그를 막아내는데 성공한다. 무기는 무사히 우주로 방출된다.​

​

​

수많은 인명을 구해내는데 성공한 커크. 사실 그는 중장으로의 승진을 앞두고 있었고,

이에 함장직을 내놓으려 고민을 하던 중이었다. 하지만 이번 일로 생각이 바뀐 커크.

그는 대원들과 함께할 다음 우주 비행에 대한 기대감으로 즐거워한다.​

​

스팍 또한 스타플릿을 떠나려는 생각을 하고 있었다. 우후라와의 연애는 감정보다

종족번식이라는 사명감으로 인해 헤어질 위기에 놓여있었고, 스팍 프라임이

죽었다는 소식도 들었다. 이에 벌칸인들에 대한 사명감이 커졌던 것이다.​

​

​

​

​하지만 스팍 역시 커크와 함께 항해를 계속하기로 마음 먹는다.

이번 항해를 마친 후, 스팍 프라임의 유품에서 이 사진을 발견한 이후 생각을 고쳤던 것!!

그렇게 새로 만들어진 엔터프라이즈 호는 또 다시 우주항해에 나선다.

넓디 넓은 미개척 우주를 향해..!!​